June 2010 Archives

虽然也不是第一次接触分子人类学,这张表还是挺让我迷糊了一阵.花了两天的时间做功课,这些搜索和学习的过程成了这两天我最有乐趣的事情,最终也算是粗浅的读出了一些数字字母背后的含义.再记一记吧,就算是读书笔记.直接看结论的这边请

首先要解决的就是几个术语.

单倍群(Haplotype):来源于希腊语词汇意为"单数"

SNP(single-nucleotide polymorphisms),中文意为"单一核苷酸多型性"
STR(short tandem repeat)"短片段重复序列".

我们都知道DNA是四种碱基AGTC成对构成,STR是80年代所发现的,表现为一定范围的内数个碱基对会重复出现,但是重复出现的次数在遗传的过程中可能增减,表格中的17-STR测的就是这个,上一行为STR的序列化名称.下一行则是对应的重复次数.

而SNP则是某一个碱基对发生了特定的变化,与STR不同的是,SNP在发生以后几乎不可能再变化回去,或者在发生其他的变化,非常稳定.知的各个发生变化的碱基对在被确认后都会被赋予特定的序列名称,也就是所说的位点,比如我的报告中所提到的P203位点,这是一个比较新确认下来的位点,以前也称为M207.(这种名称的变化产生了很多困惑.....)

这种遗传稳定性带来了一个特别的好处,科学家可以由此绘出分支树来,比如一个带有A,B,C位点变异的人和一个带有A,B,D位点变异的人具有共同的祖先A,B,而他们和一个带有A,E变异的人则只具有一个共同祖先A.这说明A是最老的祖先,B和E则是稍晚一点的变异，而C,D则是更晚于B的变异.于是我们可以绘出一棵以A为树根的树来。

当然人类的SNP要多的多,每一种已知不同的SNP的组合,比如ABC,ABD,AE则称为一个单倍群,真正的名称O1a1,某些尚不明确的旁系群则会在名称后加上*号表示.比如O1*.旁系的含义是具有树图上上一层的变异,而不具有下一层所有已知突变,比如某人具有A.B突变而不具有C,D中的任何一个.

目前最全,更新最快的树图在ISOGG网站可以查到.由于不断的有新点位被发现,树图经常会发生一些变化.

由于STR的变异可重复,所以STR不能用于绘出树图,但是可以根据两个人的STR差距大体上表征了两人遗传距离的远近,可以结合其SNP的情况来推测分化时期.

好了,在了解了术语以后就可以试着分析有社会学意义的结果了.目前人类社会基本上都是父系社会,子女继承父亲的姓氏,同时也继承父亲的Y染色体,所以研究Y染色体上的SNP成了热门的方向,在经年研究后也有了一些比较认可的结论.于是我就可以利用这些结论开始探寻父辈的血脉了.

从简单的开始,单倍群是最明确的.

O是中国地区最常见的单倍群,O1a1是其中的一个子群,在名称上就可以很直观的看出来.但是O1a1在O群中占的比例不高，特别是大陆地区,图中的P203就是O1a1所对应的特征点位.

嗯,看来还是台湾和马六甲最多,一般认为某个单倍群比例比较高的地区就是此单倍群的早期发源地和聚居地.所以就此可以有两个结论.我的先祖也是属于O群的,但是和中国地区现生主要群体的祖先稍早就分化了.我的先祖很可能是来自南岛或者台湾福建.而我们的族谱也记载是湖广填四川时候来到重庆的,基因和文化就在这里对应上了,于是有了特别高的可信度.但在此前的生活则和族谱不对应了,族谱记载家族来自中原某望族,不过考虑到假托名人之后在以往特别普遍,以及长期的战乱,家谱前言的东西未必可靠.

进一步查询,周姓有三大来源.一是商时周国后裔,二是周朝王室姬姓一支的后裔,这也是最大,流传最广的一支(至少是号称如此).三是北魏是由北方少数民族改姓而来.但是中原地区的单倍群以O3为主,北方则可能有较多的C,D,差距更远.O1的基因说明我的先祖几乎不可能是上述三种来源中的任何一种.更大可能是闽地的土著居民,某种情况下改了汉姓.汉文化在闽地的扩张也并不是一帆风顺的.

SNP所传递的信息能解读的也就这么多了.我们还没有用到STR信息.虽然它相对较弱但是结合起来也可以有一些有趣的结论.很巧,我在中恐网找到了一位同是O1a1的兄弟.但是我们的STR差距大约有6步.(每一个位置相差1次重复称为1步）.这是一个很可观的差异了.说明我和这位同为O1a1的邱兄弟的共同先祖可能比较遥远,然后利用ranhaer同志的Y-SNP匹配程序进行匹配.STR完全匹配的样本绝大部分来自巴厘岛.但是鉴于巴厘岛的样本只有7-STR,所以即便完全匹配也意义不是很大,不过也能说明我的先祖已经是来自相对更加靠南的地区.所谓的越人.至于我的外貌一点也不越人,这就是母系基因的功劳了.也许我母系是比较主流一点的O3类型吧.

综上最后的解读结果就是